Die Köthener St.-Jakobs-Kirche wurde 1518 als spätgotische Hallenkirche vollendet. Unter der Herrschaft des Fürsten Wolfgang von Anhalt, einer der frühesten Parteigänger Luthers, wurde sie bereits 1533 lutherisch, ab 1600 reformiert. Die Fürstengruft in der Kirche enthält Grablegungen des Fürstengeschlechts von Anhalt-Köthen, darunter von Fürst Leopold, dem "Bachfürsten" (1694 - 1728).

Die Köthener St.-Agnus-kirche wurde 1694 bis 1699 unter dem Patronat der lutherischen Fürstin Gisela Agnes vom Zerbster Baumeister Johann Bernhard Beuchel erbaut. Sie diente bis 1880 als Pfarrkirche für die Köthener Lutheraner. Im Jahre 1748 folgte ein Emporeneinbau. Bereits 1849 wurden umfassende Erneuerungen im spätklassizistischen Stil vorgenommen, die bei der Restaurierung 1887/1888 durch neugotische Ausstattungsstücke ergänzt wurden. Bei weiteren Umgestaltungen wurde in den 1960er Jahren die spätklassizistische Putzfassade zerstört. In der Kirche St. Agnus wirkte auch der Köthener Hofkapellmeister Johann Sebastian Bach während seiner Amtszeit 1717 bis 1723. Die umfassende Sanierung der Kirche konnte 2010 annähernd zum Abschluss gebracht werden.